Limon ağacı aşılaması, sağlıklı ve verimli bir limon ağacı yetiştirmek için oldukça önemlidir. Aşılama işlemi, uygun zaman ve tekniklerle gerçekleştirilmelidir. Limon fidelerine "çöğür" adı verilir ve bu çöğürler yaklaşık 30-35 cm boylarına ulaştıklarında, herek adı verilen çubuklara bağlanırlar. Limon ağaçlarında aşılama, çöğür oluşturduktan sonra yapılır.

Limon ağacı aşılama zamanları iki ana döneme ayrılır:

Bu zaman dilimleri, mevsim şartlarına göre değişiklik gösterebilir. Ağaçların uyanmış olması ve don olma ihtimalinin bulunmaması, aşılama için önemli kriterlerdir.

Aşılama işlemi yapılmadan önce, anaç dal üzerinde bulunan diken ve sürgün gibi fazla kısımlar alınmalıdır. Tek bir dal şeklinde olmalıdır. Bu işlemler, önceden gerekli bakımı ve dezenfektesi yapılmış olan aşı bıçağı kullanılarak yapılmalıdır. Bu, aşılanacak ağaca hastalık geçme ihtimalini engeller.

Limon aşılamak için kullanılan aşı bağı, plastikten yapılmış şerit aşı bağları olmalıdır. Bu bağlar, aşının sabitlenmesini ve korunmasını sağlar.

Limon ağacı aşılamak için çöğürler yaklaşık 1 metre boyunda ve 0.5 cm çap ortalamasında olmalıdır. Limon tohumu toprağa ekildikten sonra yaklaşık 9 aylık bir süreçte aşılama evresine ulaşırlar. Limon ağacı aşılamada çoğunlukla "T göz aşısı" kullanılır. Aşı, 25 cm yüksekliğe yapılmalıdır. Aşı gözlerinin hasta ya da virüs taşıyıp taşımadığından emin değilseniz, aşıları aşı gözü üreten bilinen yerlerden temin etmeniz gerekir. Temiz aşı gözü üreten pek çok fidan üretim tesisi bulunmaktadır.

Limon ağacı bu şekilde aşılandıktan sonra ortalama 15 gün civarında aşı noktasının 5 cm'ye kadar üzerinden tepe gözü kesilmelidir. Böylece gözler çabuk sürer ve fidan gelişimi daha hızlı olur. Aşılanan sürgün boyları 15 cm'yi bulduğunda, herekler yardımı ile bağlanmalıdır.

Aşılama sonrasında dikkat edilmesi gereken en önemli püf noktalardan biri, aşılanan göz haricinde anaçtan sürgün veren tüm filizlerin düzenli olarak temizlenmesidir. Aşılanmış olan gözden çıkan sürgün 60 cm boyuna ulaşınca, aşı noktasının hemen üzerinden yapılan kesimle tırnak çıkarılır. Sürgün boyu 100 cm'e ulaştığında ise tepeler 25 cm'den vurulur. Kesim yerinin hemen altından pek çok göz sürdüğü görülür. Tepede bulunan sürgünlerden 3 adedi ana dal olmak üzere bırakılır, diğerleri kesilir. Bu şekilde aşılaması ve şekil budaması tamamlanan limon fidanları uygun koşullarda büyütülür.